Le microbiote intestinal humain, micro-organismes et espèces de bactéries

Le microbiote intestinal humain

Table des matières
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    Le concept de microbiote intestinal humain

    Chez l’homme, le microbiome ou microbiote est l’ensemble des organismes microscopiques présents dans et sur la peau, les muqueuses et les organes.

    Organe à part entière composé de milliards de bactéries, le microbiote intestinal humain représente la totalité de tous les co-habitants microbiens du système digestif. On entend ici principalement les espèces bactériennes physiologiques ou protectrices. Un microbiote équilibré protège l’homme des agents pathogènes et stabilise le système immunitaire

    En outre, certaines bactéries sont capables de décomposer davantage les composants alimentaires et contribuent ainsi à une utilisation optimale des nutriments ingérés. Une alimentation équilibrée est donc la condition de base pour une flore intestinale équilibrée.

    La modification de l’équilibre bactérien, conduisant à un déséquilibre de la composition du microbiote, peut favoriser la formation de facteurs inflammatoires. Cela peut conduire à une intolérance à certains nutriments, voire à des pathologies chroniques (syndrome de l’intestin irritable / colopathie fonctionnelleLes influences négatives peuvent être déclenchées par un traitement antibiotique, des infections bactériennes ou virales ou un processus de maladie chronique ou des maladies auto immunes. Des mesures de thérapie nutritionnelle sont souvent déjà engagées. 

    En outre, une combinaison avec des préparations probiotiques, c’est-à-dire des micro-organismes vivants, peut soutenir positivement la thérapie.

    Exercice et nutrition peuvent-ils influencer la flore intestinale ?

    Dans nos domaines d’intérêt clinique et scientifique, nous étudions donc également la question de l’influence de la thérapie nutritionnelle et de l’exercice sur la composition des agents microbiotiques. En outre, nous analysons ses influences possibles sur les paramètres immunologiques, hormonaux et métaboliques ainsi que sur l’évolution de la maladie. En l’analysant à l’aide des techniques modernes de séquençage de l’ADN, il est désormais possible de déterminer le type des bactéries de manière différenciée.

    Néanmoins, il n’existe actuellement aucune connaissance précise sur les micro-organismes nécessaires à la pleine santé ou sur les micro-organismes responsables du développement de troubles du système digestif. En outre, il n’existe toujours pas de données concrètes sur la forme nutritionnelle qui favorise l’équilibre du microbiote intestinal humain selon les pathologies.

    Le microbiote intestinal humain, organe à part entière, héberge des milliards de bactéries

    La composition du microbiote intestinal humain

    On estime que chaque personne porte environ 1,3 fois plus de micro-organismes sur et dans son corps que ses propres cellules humaines. Les chiffres figurant dans la littérature et dans les médias sont parfois très différents. Diverses sources font état de plus de 1 000 types différents de bactéries, de plus de 100 000 milliards de bactéries au total et d’un poids total d’environ 2 kg.

    Cependant, un microbiote sain se caractérise moins par le nombre que par une grande diversité, notamment de différentes cultures bactériennes protectrices.

    Influence du régime alimentaire sur la composition du microbiote intestinal

    Le choix des nourritures a des conséquences considérables sur nos colonies bactériennes. L’influence du régime alimentaire pourrait même être plus importante que les facteurs génétiques, comme l’a montré une étude d’Asnicar et al.

    Selon cette étude, le microbiote d’un régime à base de plantes et pauvre en produits pré-transformés diffère considérablement de celui d’un régime riche en sucre, en viande transformée et en produits à base de farine blanche. Cela a également affecté divers paramètres de laboratoire tels que les marqueurs inflammatoires et les niveaux du métabolisme des graisses et des sucres. Les chercheurs sont en train d’attribuer à chaque espèce de microbe des profils de risque et de maladie différents. Ainsi, 15 espèces pourraient déjà être associées à un risque faible et 15 autres à un risque élevé de diabète sucré et de problème cardiaque.

    Une chose est sûre : une alimentation équilibrée favorise la santé intestinale et un microbiome sain.

    Le régime, le mode de vie et l’état de forme physique influencent considérablement la fonction de la microflore. Les composants de notre nourriture sont les principaux moteurs de croissance des organismes. Un changement d’habitudes alimentaires influence déjà notre fonction intestinale à court terme.

    Aliments riches en fibres

    Les produits riches en fibres alimentaires tels que les légumes, les fruits, les produits à base de céréales complètes et les produits fermentés ainsi que les produits laitiers crus peuvent favoriser la croissance des protectrices. Il s’agit notamment des ingrédients connus sous le nom de prébiotiques, d’inuline et d’oligofructose, qui sont également disponibles sur le marché sous forme de compléments alimentaires.

    Les polyphénols

    De même, certaines substances végétales secondaires du groupe des polyphénols orientent le microbiote dans une direction saine. Il s’agit, par exemple, des anthocyanes colorés des baies ou des flavonoïdes des pommes et des oignons. Ces substances ne sont absorbées qu’en petites quantités dans le grêle. La majorité atteint le gros intestin, où elle favorise la croissance des bactéries physiologiques et la stabilité de la barrière intestinale.

    Restauration rapide

    Certains facteurs alimentaires causent des dommages plus importants dans certaines conditions préexistantes. Par exemple, les changements indésirables provoqués par une supplémentation orale en fer (sulfate ferreux) étaient significativement plus prononcés chez les patients atteints de la maladie de Crohn que chez les sujets de comparaison non inflammatoires.

    En général, une alimentation déséquilibrée avec une forte proportion de fast-food, de produits prêts à l’emploi avec des additifs tels que des conservateurs, de boissons gazeuses et énergisantes et de sucre est considérée comme un facteur de risque pour le développement d’un déséquilibre entre les « bonnes » et les « mauvaises » formes de microbes intestinaux.

    Protéines et graisses animales

    Un régime occidental typique, riche en graisses et en protéines et riche en viande, stimule probablement la croissance des micro organismes qui contiennent des lipopolysaccharides dans leur membrane cellulaire. Ces bactéries favorisent à leur tour l’inflammation du système digestif et déstabilisent la barrière organique.

    Fructose et sucre

    Le fructose fait partie des glucides fermentescibles et peut être métabolisé par les micro-organismes.

    Lors de la fermentation alcoolique par les levures, de l’éthanol et du dioxyde de carbone sont produits. La dégradation bactérienne dans le gros intestin, en revanche, produit principalement des gaz et des acides organiques. La structure de la flore affecte l’ensemble des fonctions métaboliques du tractus gastro-intestinal. Des études sur les animaux ont fourni les premières indications qu’un régime riche en fructose associé à un syndrome métabolique est également associé à une microflore altérée chez les personnes concernées.

    Une consommation élevée de sucre semble perturber l’harmonie du microbiome.

    Par exemple, le nombre de « bonnes » bactéries physiologiques (bactéroïdes) a diminué et le nombre de « mauvaises » (protéobactéries) a augmenté chez des souris nourries avec un régime riche en glucose et en fructose. Cela a augmenté la perméabilité de l’intestin et accru l’activité inflammatoire.

    L’administration de solutions sucrées pendant 10 jours a également entraîné des changements mesurables dans des populations microbiologiques – étudiées en son temps par Louis Pasteur – qui ont proliféré, amincissant et exposant la couche de mucus protectrice de la paroi. Ces mécanismes sont typiques des troubles inflammatoires telles que la maladie de Crohn ou la colite ulcéreuse. Chez certains animaux de laboratoire, une colite a été induite. L’effet a également été confirmé lorsque les selles des animaux testés ont été transplantées. Certains des receveurs de dons ont également développé une colite.

    Édulcorants

    Des revues récentes concluent qu’une « consommation modérée » d’édulcorants artificiels n’a probablement aucune influence sur le microbiote, même si la saccharine, le sucralose et la stévia peuvent très bien modifier sa variété.

    Quoi qu’il en soit, des études in vitro ont montré que la saccharine, le sucralose et l’aspartame peuvent amener certaines bactéries telles que Escherichia coli et Enterococcus faecali à traverser la paroi des boyaux et à s’accumuler dans le foie, la rate ou les reins. Selon les chercheurs, dans le pire des cas, cela peut entraîner des infections, une septicémie, voire une défaillance de plusieurs organes. 

    escherichia coli, une des espèces de bactéries intestinales

    La consommation d’édulcorants a également entraîné un déséquilibre et a conduit à une altération du métabolisme du glucose. Les résultats proviennent d’expériences sur des animaux qui ne peuvent être facilement transposées à l’homme. De plus, les déficiences ne sont apparues qu’avec des quantités très élevées d’édulcorant.

    Hygiène de vie

    On peut supposer qu’une hygiène excessive peut également perturber de manière sensible l’équilibre entre les cellules et les microbes. Cela vaut également pour l’absence de contact avec certaines cultures bactériennes présentes dans d’autres écosystèmes. 

    Dans les observations, par exemple, les enfants issus de fermes avec du bétail présentaient les taux d’allergie et d’asthme les plus faibles par rapport aux enfants de la ville. Diverses colonies de micro-organismes isolées et administrées à partir d’étables d’animaux ont été capables de protéger les animaux adultes et leur progéniture immédiate contre l’asthme.

    D’autres facteurs perturbateurs sont une consommation élevée de tabac et d’alcool, le stress ainsi qu’un mode d’existence trépidant, l’anxiété ou le manque d’exercice. Diverses toxines environnementales causent également des dommages à long terme.

    Sucre de soufre et légumes verts

    Une équipe internationale de scientifiques étudie les voies métaboliques des substances dans les bactéries intestinales. Ils ont notamment découvert qu’un sucre sulfureux présent dans les légumes (par exemple les épinards, la laitue, les algues) entraîne la formation de sulfure d’hydrogène par la bactérie Eubacterium rectale. E. rectale est l’un des micro-organismes les plus courants.

    Le sulfure d’hydrogène peut toutefois avoir des effets tant positifs que négatifs. En petites quantités, il a une action anti-inflammatoire sur la muqueuse. En grandes quantités, il a été associé à des problèmes inflammatoires chroniques et au cancer.

    Régimes hypocaloriques

    Un régime sévèrement restreint en calories peut modifier le microbiome. Par exemple, après un régime sévère, le nombre de microorganismes a globalement diminué chez les participants, tandis que le nombre de Clostridium difficile a augmenté.

    Clostridium difficile, une des bactéries intestinales

    Les bactéries ont vraisemblablement adapté leur métabolisme à l’apport énergétique réduit et ont absorbé davantage de composés du sucre, qui n’étaient alors plus disponibles en tant que tels pour les participants. Cela a favorisé la perte de poids. Idem après avoir transplanté les selles dans le système digestif de souris exemptes de germes : celles-ci ont également perdu beaucoup.

    La bactérie Clostridium difficile, en revanche, a pu se multiplier plus facilement et a donc eu un impact négatif sur l’efficacité de la prise alimentaire. En outre, ce micro-organisme a produit les toxines typiques. Ces deux mécanismes ont également favorisé la perte pondérale. Cependant, la bactérie est plus susceptible d’être associée à des troubles (par exemple, une inflammation de la muqueuse).

    Allergies

    Les réactions allergiques se manifestent souvent dans la petite enfance. Les enfants ayant une tendance aux réactions d’hypersensibilité ont généralement une structure intestinale différente de celle des enfants sains non affectés. Des études ont montré que le risque de dermatite atopique infantile pouvait être considérablement réduit par l’administration d’oligosaccharides prébiotiques.

    Les autres facteurs d’influence du contenu bactérien sont :

    • Origine géographique (d’autres cultures et pays ayant un régime nutritionnel différent entraînent un microbiote différent)
    • Âge (modification de la structure et du nombre de bactéries)
    • Constitution génétique (différent selon le sexe)
    • L’hygiène de vie

    La digestion par les micro-organismes

    Sans la colonisation bactérienne du tube digestif, une digestion normale n’est guère possible. Le microbiome influence la digestion par l’absorption accrue des glucides simples et indirectement par

    • la fonction de barrière
    • l’inhibition et l’activation de diverses voies métaboliques
    • la stimulation de la motilité intestinale
    • l’absorption des nutriments
    • l’absorption d’énergie.

    Les fibres sont décomposées par les micro-organismes digestifs en acides gras à chaîne courte (acides acétique, propionique et butyrique), qui servent entre autres à fournir de l’énergie aux cellules intestinales. Cela permet de stabiliser la barrière. Ils sont également absorbés par la muqueuse et transportés par la circulation sanguine vers divers autres organes. Le sel d’acide acétique, par exemple, est censé atteindre le cerveau de cette manière, où il se lie à certains récepteurs et déclenche ainsi un sentiment de satiété, entre autres. Il est même concevable que certains métabolites du cerveau influencent la concentration de certains neurotransmetteurs du système nerveux central comme la sérotonine ou la dopamine, ce qui a des conséquences sur notre comportement et notre bien-être.

    Certains microbes jouent un rôle important dans le cycle entéro-hépatique des acides biliaires, d’autres dans la détoxification des produits métaboliques nocifs et des médicaments. En outre, diverses enzymes, hormones et vitamines sont produites.

    Phases de colonisation bactérienne

    Grossesse et naissance

    Contrairement à ce que l’on pensait, il y a déjà un échange bactérien minime avec l’enfant à naître pendant la grossesse. Lors d’un accouchement naturel, le premier « contact majeur » avec le microbiote naturel de la mère a lieu lorsque l’enfant passe par le canal de naissance.

    Nourrissons/enfants

    Le microbiote typique se développe pendant les premières années et est encore facilement modifié par les influences de l’environnement pendant cette période. L’alimentation du nouveau-né et du jeune enfant a une influence importante sur la colonisation par les micro-organismes. Des enfants nourris au sein sont principalement peuplés de bactéries productrices d’acide lactique. Cela conduit à un environnement intestinal dans lequel les germes pathogènes ne peuvent que difficilement s’installer.

    Adulte

    Le microbiote adulte, plutôt stable, s’adapte également à des facteurs environnementaux changeants. Le régime alimentaire et le mode de vie (consommation de tabac et d’alcool), les médicaments ou les pathologies et le stress, etc. jouent un rôle. Il est possible de distinguer 3 entérotypes (Bacteroides, Prevotella et Ruminococcus) chez l’homme, chacun étant dominé par un genre bactérien différent.

    Le microbiote intestinal joue un rôle sur le système immunitaire des êtres humains

    Les fonctions du microbiote intestinal humain

    Système immunitaire et inflammation

    Sans la colonisation bactérienne, notre immunité ne peut se développer correctement. Par exemple, elle empêche l’invasion d’organismes nuisibles et inhibe également leur activité et leur croissance. Si le nombre de germes nuisibles augmente, la muqueuse digestive est stimulée pour produire davantage de facteurs de protection. Nos bactéries « naturelles » peuvent également former de tels facteurs de protection. En outre, certaines de ces espèces ont elles-mêmes une action antimicrobienne évidente en formant ce qu’on appelle des lipopeptides qui sont efficaces contre les nuisibles.

    Organe central de liaison entre l’environnement, la digestion et le système immunitaire, l’intestin contrôle aussi, entre autres, les processus inflammatoires. Les colonies nuisibles forment des produits métaboliques et des toxines qui déclenchent une inflammation. Si elles deviennent incontrôlables, des processus inflammatoires chroniques peuvent apparaître. Cela favorise non seulement les maladies du tube digestif, mais peut également altérer la sensibilité à l’insuline, par exemple, ce qui affecte à son tour de nombreux autres processus métaboliques. Les bactéries physiologiques, quant à elles, réduisent la formation de messagers inflammatoires en déplaçant les nuisibles et en les empêchant de se développer.

    Il existe donc une délicate harmonie entre tolérance et défense entre les micro-organismes bactériens et la muqueuse. Une perturbation de cet équilibre peut contribuer à diverses anomalies.

    Métabolisme

    Fonction métabolique et protectrice

    Le milieu interne, acide et vivant, est capable de métaboliser les déchets non digestibles. La variété génétique de ce microbiote est capable de fournir des enzymes qui créent des voies biochimiques permettant la fermentation des glucides non digestibles. Ces voies permettent également la récupération de Ca, Mg, Fe et la production de vitamine K, B12,…

    Les populations bactériennes développent une fonction de barrière dans l’intestin qui rend difficile l’établissement de leurs concurrentes. Certaines sont capables de synthétiser des substances bactéricides.

    La digestion détermine l’immunité innée et adaptative et influence l’obésité chronique en agissant sur la réponse inflammatoire chronique. Certains récepteurs tels que les TLR (Toll-Like Receptors) sont les points de départ de la réponse immunitaire aux stimuli bactériens ou aux produits tels que les lipides ou les protéines. Ces récepteurs (TLR) sont capables d’activer des protéines qui, à leur tour, sont impliquées dans la transcription de différents facteurs associés à l’inflammation, tels que MAPK et NF-KB, et sont également capables d’activer la synthèse de cytokines pro-inflammatoires liées au développement de la résistance à l’insuline.

    Fonction trophique

    Ils sont impliqués dans la différenciation et le développement des cellules épithéliales qui jouent un rôle clé dans le système immunitaire, car elles sont en première ligne du contact avec les molécules étrangères, et transmettent des signaux pour activer les défenses. Cette identification précoce est essentielle car ces signaux sont capables d’attirer et d’activer capable d’attirer et d’activer les leucocytes.

    Modifications de la flore intestinale

    Différents processus sont à l’origine des modifications des populations microscopiques. Certaines pathologies, comme la diarrhée aiguë, sont causées par des agents pathogènes qui augmentent leurs colonies et produisent des toxines nuisibles au microbiote. La diarrhée associée aux antibiotiques provoque un déséquilibre de la composition du microbiote intestinal, augmentant la multiplication de souches telles que Clostridium difficile, capables de provoquer une colite pseudo-membraneuse.

    Dans des maladies telles que la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse, les changements dans la composition bactérienne normale entraînent une activation anormale des défenses immunitaires dans la muqueuse.

    Le microbiome est une communauté diversifiée de micro-organismes microscopiques entretenant une relation symbiotique avec son hôte et participant aux processus physiologiques. Ces milliards de bactéries sont impliquées dans l’activation immunitaire, et si l’interaction n’est pas correcte, leur prolifération peut avoir un impact négatif sur la santé et peut provoquer différentes pathologies d’ordre inflammatoire ou en réponse à des agents antigéniques présents dans l’environnement ou le système digestif.

    microbiote intestinal : rectocolite hémorragique, maladies inflammatoires

    Les troubles du microbiote intestinal

    Le syndrome du côlon irritable

    Aperçu clinique

    Dans le syndrome du côlon irritable (aussi appelé syndrome de l’intestin irritable, colopathie fonctionnelle ou troubles fonctionnels intestinaux (TFI), il est de plus en plus évident qu’un milieu bactérien ayant altéré la composition du microbiote intestinal joue un rôle négatif sur le tableau clinique et favorise donc les réactions inflammatoires, laissant penser à certaines maladies auto immunes.

    Le syndrome de l’intestin irritable est un trouble courant qui affecte le tube digestif, en particulier le gros intestin. Les signes et les symptômes sont les suivants : crampes, douleurs abdominales, ballonnements, gaz et diarrhée ou constipation (ou les deux). C’est un trouble chronique qui doit être géré à long terme. Les anti-inflammatoires ne règlent pas la cause.

    Seul un petit nombre de personnes atteintes du SCI présentent des signes et des symptômes graves. Certaines personnes peuvent gérer leurs symptômes en modifiant leur régime alimentaire, leur mode de vie et leur niveau de stress. Les symptômes plus graves peuvent être traités par des médicaments et des conseils.

    Le syndrome ne provoque pas de modifications du tissu du tube digestif et n’augmente pas le risque de cancer colorectal.

    Symptômes des troubles fonctionnels intestinaux

    Bien que les signes et les symptômes varient, ils persistent généralement pendant une longue période. Les plus courantes sont les suivantes :

    • Douleurs, crampes ou ballonnements dans l’abdomen liés à la défécation.
    • Changements dans l’apparence des selles
    • Modification de la fréquence des selles
    • Les autres symptômes souvent associés sont les ballonnements, l’augmentation des gaz ou la présence de mucus dans les selles.

    Consultez votre médecin si vous présentez un changement persistant de vos habitudes fécales ou d’autres signes ou symptômes. Ils peuvent indiquer une affection plus grave, comme un cancer. Les signes et symptômes plus graves comprennent

    • Perte de poids
    • Diarrhée nocturne
    • Saignement rectal
    • Anémie ferriprive
    • Vomissements inexpliqués
    • Difficulté à avaler
    • Douleur persistante qui n’est pas soulagée par l’évacuation des gaz ou la défécation.

    Causes du syndrome de l’intestin irritable

    La cause précise du SCI est inconnue. Les facteurs sont les suivants :

    • Contractions musculaires dans l’intestin
      • Les parois internes sont tapissées de couches de muscles qui se contractent lors du déplacement du digestat dans le tube. Les contractions qui sont plus fortes et durent plus longtemps que la normale peuvent provoquer des gaz, des ballonnements et des diarrhées. Des contractions faibles peuvent ralentir le passage du bol alimentaire et provoquer des selles dures et sèches.
    • Système nerveux
      • Des anomalies dans les nerfs digestifs peuvent vous faire ressentir une gêne supérieure à la normale lorsque l’abdomen est étiré par des gaz ou des selles. Des signaux mal coordonnés entre le cerveau et les entrailles peuvent amener votre corps à réagir de manière excessive aux changements qui se produisent normalement dans le processus, provoquant des douleurs, de la diarrhée ou de la constipation.
    • Infection grave
      • Le syndrome peut faire suite à un épisode grave de diarrhée (gastro-entérite) causé par une bactérie ou un virus. Il peut également être associé à une prolifération bactérienne ou à un déséquilibre du microbiote intestinal.
    • Le stress à un âge précoce
      • Les personnes exposées à des événements stressants, en particulier dans l’enfance, ont tendance à présenter davantage de symptômes.
    • Modifications des microbes
      • Il s’agit par exemple de modifications de certaines bactéries, champignons et virus qui jouent un rôle clé. Des recherches indiquent que les bactéries intestinales des personnes atteintes du syndrome peuvent différer de ceux des personnes en bonne santé.

    Déclencheurs et facteurs de risque de la colopathie fonctionnelle

    Les symptômes peuvent être déclenchés par :

    • La nourriture.
      • La manière dont l’allergie ou l’intolérance alimentaire influence le SCI n’est pas entièrement comprise. Il est rare qu’une véritable allergie soit à l’origine du syndrome. Mais de nombreuses personnes voient les symptômes du syndrome du côlon irritable s’aggraver lorsqu’elles mangent ou boivent certains ingrédients ou boissons, notamment le blé, les produits laitiers, les agrumes, les haricots, les choux, le lait et les boissons gazeuses.
    • Le stress.
      • La plupart des personnes atteintes voient leurs signes et symptômes s’aggraver ou se multiplier pendant les périodes de stress accru. Toutefois, si le stress peut aggraver les symptômes, il n’en est pas la cause.

    De nombreuses personnes présentent des signes et des symptômes occasionnels. Mais vous êtes plus susceptible d’en souffrir si :

    • Vous êtes jeune. Le syndrome du côlon irritable survient le plus souvent chez les personnes de moins de 50 ans.
    • Vous êtes une femme. Aux États-Unis, le syndrome est plus fréquent chez les femmes. L’œstrogénothérapie avant ou après la ménopause est également un facteur de risque.
    • Vous avez des antécédents familiaux de SCI. Les gènes peuvent jouer un rôle, tout comme les facteurs partagés dans l’environnement familial ou une combinaison de gènes et d’environnement.
    • Vous souffrez d’anxiété, de dépression ou d’autres problèmes de santé mentale. Des antécédents d’abus sexuels, physiques ou émotionnels peuvent également constituer un facteur de risque.

    Diagnostic

    Il n’existe pas de test permettant de diagnostiquer définitivement la colopathie fonctionnelle. Votre médecin commencera probablement par une anamnèse complète, un examen physique et des tests du système digestif pour exclure d’autres pathologies, comme la maladie cœliaque.

    Après avoir écarté les autres pathologies, votre médecin utilisera probablement l’un de ces ensembles de critères de diagnostic du syndrome de l’intestin irritable :

    • Critères de Rome. Ces critères comprennent une douleur et un inconfort abdominaux qui doivent être présents au moins un jour par semaine pendant trois mois, associés à au moins deux des facteurs suivants : la douleur et l’inconfort sont liés à la défécation, la fréquence de la défécation est modifiée ou la consistance des selles est altérée.
    • Type de SCI. À des fins de traitement, le syndrome peut être divisé en trois types, en fonction des symptômes : constipation prédominante, diarrhée prédominante ou mixte.

    Votre médecin évaluera probablement aussi si vous présentez d’autres signes ou symptômes qui pourraient suggérer une autre affection plus grave. Ces signes et symptômes sont les suivants :

    • Apparition des signes et symptômes après l’âge de 50 ans
    • Amaigrissement
    • Saignement rectal
    • Fièvre
    • Nausées ou vomissements récurrents
    • Douleur abdominale, surtout si elle n’est pas liée à une défécation ou si elle survient la nuit.
    • Diarrhée persistante ou éveillée
    • Anémie liée à un faible taux de fer

    Si vous présentez ces signes ou symptômes, ou si un premier traitement ne fonctionne pas, vous devrez peut-être passer des examens complémentaires.

    Votre médecin peut vous recommander différents tests, notamment des analyses de selles, pour vérifier la présence d’infections ou de problèmes de microbiote intestinal liés à la capacité de vos entrailles à absorber les nutriments (malabsorption). Vous pouvez également subir d’autres examens pour éliminer d’autres causes de vos symptômes.

    Les procédures de diagnostic peuvent inclure les éléments suivants :

    • Coloscopie. 
        • Le médecin utilise un petit tube flexible pour examiner toute la longueur du côlon.
    • Radiographie ou tomodensitométrie.
      • Ces examens produisent des images de l’abdomen et du bassin qui peuvent permettre au médecin d’éliminer d’autres causes de vos symptômes, en particulier si vous avez des douleurs abdominales. Le médecin peut remplir le gros intestin d’un liquide (baryum) afin que les problèmes éventuels soient mieux visibles sur la radiographie. Ce test baryté est parfois appelé série gastro-intestinale inférieure.
    • Endoscopie supérieure.
      • Un tube long et flexible est inséré dans la gorge, dans le tube qui relie la bouche et l’estomac (œsophage). Le médecin, à l’aide d’une caméra placée à l’extrémité du tube, inspecte le tractus gastro-intestinal supérieur et prélève un échantillon de tissu (biopsie) du grêle et du liquide pour rechercher une prolifération bactérienne due aux micro-organismes dans la flore intestinale. Votre médecin peut recommander une endoscopie en cas de suspicion de maladie cœliaque.
    • Test de dépistage de l’intolérance au lactose.
      • La lactase est une enzyme dont vous avez besoin pour digérer le sucre présent dans les produits laitiers. Si vous ne produisez pas de lactase, vous pouvez avoir des problèmes similaires à ceux causés par la colopathie fonctionnelle, comme des douleurs abdominales, des gaz et des diarrhées. Votre médecin peut demander un test respiratoire ou vous demander d’éliminer le lait et les produits laitiers pendant plusieurs semaines.
    • Test respiratoire pour la prolifération bactérienne.
      • Un test respiratoire peut également déterminer si vous avez une prolifération bactérienne dans votre intestin grêle. La prolifération bactérienne est plus fréquente chez les personnes qui ont subi une opération ou qui souffrent de diabète ou d’une autre pathologie qui ralentit la digestion.
    • Analyse des selles.
      • Si vous souffrez de diarrhée chronique, on peut rechercher dans vos selles des agents bactériens ou des parasites, ou un liquide digestif produit par le foie (acide biliaire).

    Maladie de Crohn et colite ulcéreuse

    La maladie de Crohn et la colite ulcéreuse sont deux troubles inflammatoires chroniques du système digestif.

    Des études sur des patients atteints de la maladie de Crohn ou de colite ulcéreuse montrent que la biodiversité du microbiote intestinal est réduite. Les germes physiologiques sont probablement déplacés par des rivaux pro-inflammatoires. Ces derniers produisent à leur tour davantage de l’enzyme caspase-1, qui est un moteur des réactions inflammatoires et dont l’activité est contrôlée par le microbiome. 

    Sur le plan thérapeutique, les transplantations de selles devraient déplacer les espèces bactériennes qui favorisent l’inflammation à l’avenir. Selon l’état actuel des savoirs, ce « transfert de matière fécale » a déjà donné des résultats prometteurs dans le traitement des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), du syndrome de l’intestin irritable et des infections de la flore intestinale par des agents pathogènes multirésistants.

    Les infections bactériennes, virales ou fongiques

    Certaines infections bactériennes, virales ou fongiques révèlent une altération du microbiote intestinal. Dans les infections dues à la bactérie Clostridium difficile, les transplantations de selles ont déjà été efficaces sur le plan thérapeutique.

    La candidose quant à elle consiste en une infection des voies digestives par le champignon candida albicans.

    Le cancer colorectal

    Le cancer colorectal est un cancer qui prend naissance dans le côlon ou le rectum. Ces cancers peuvent également être appelés cancer du côlon ou cancer du rectum en fonction de leur origine. Ils sont souvent regroupés car ils présentent de nombreuses caractéristiques communes.

    Le cancer apparaît lorsque les cellules du corps humain commencent à se développer de manière incontrôlée. Presque toutes peuvent devenir cancéreuses et se propager à d’autres parties du corps.

    La plupart des cancers colorectaux commencent par une croissance dans la paroi interne du tube digestif. Ces excroissances sont appelées polypes.

    Si un cancer se forme à l’intérieur d’un polype, il peut finir par se développer dans la paroi du côlon ou du rectum. La paroi du côlon et du rectum est constituée de plusieurs couches. Le cancer colorectal commence dans la couche la plus interne (la muqueuse) et peut se développer vers l’extérieur à travers certaines ou toutes les autres couches.

    Lorsque des cellules cancéreuses se trouvent dans la paroi, elles peuvent se développer dans les vaisseaux sanguins ou lymphatiques (minuscules canaux qui transportent les déchets et les fluides). De là, elles peuvent se déplacer vers les ganglions lymphatiques voisins ou vers des parties éloignées du corps.

    Le stade (l’étendue) d’un cancer colorectal dépend de la profondeur de son implantation dans la paroi et de son éventuelle propagation en dehors du côlon ou du rectum. Pour plus d’informations sur la stadification, voir la section sur la stadification du cancer colorectal.

    Pour comprendre le cancer colorectal, il est utile de connaître les parties du système gastro-intestinal.

    La majeure partie du gros intestin est constituée d’un tube musculaire d’environ 1,5 mètre de long.

    • La première section est appelée le côlon ascendant. Elle commence par une poche appelée cæcum, où les aliments non digérés proviennent de l’intestin grêle. Elle remonte le long du côté droit de l’abdomen.
    • Après l’intestin grêle vient le transverse. Elle s’étend sur tout le corps, du côté droit au côté gauche.
    • Après le transverse vient le côlon descendant, car elle descend (va vers le bas) du côté gauche.
    • La quatrième section est appelée le sigmoïde en raison de sa forme en « S ». Le sigmoïde rejoint le rectum, qui est relié à l’anus.
    • Les sections ascendante et transversale sont appelées côlon proximal, tandis que les sections descendante et sigmoïde sont appelées côlon distal.

    Le premier absorbe l’eau et le sel des nourritures restant après leur passage dans le grêle. Les déchets qui subsistent après avoir traversé les boyaux passent dans le rectum, la dernière partie du tractus digestif, qui mesure environ 15 centimètres (6 pouces) de long. C’est là que les matières fécales sont stockées jusqu’à ce qu’elles quittent le corps par l’anus. Les muscles sphincters en forme d’anneaux autour de l’anus empêchent les matières fécales de sortir jusqu’à ce que les muscles soient relâchés lors d’une selle.

    Obésité et surpoids

    Surpoids et obésité : les personnes obèses ont souvent une flore intestinale perturbée, ce qui peut entraîner une inflammation subclinique favorisant le développement de problèmes secondaires, par exemple le syndrome métabolique. Le microbiote intestinal des personnes en surpoids sévère est souvent altéré par rapport à celui des personnes de poids normal. On ne sait toujours pas si ces changements sont la cause ou la conséquence de l’obésité.

    L’influence de la flore intestinale sur notre masse corporelle semble être plus importante que la médecine ne le soupçonnait auparavant. Aux États-Unis, on a récemment publié le cas d’un patient qui a pris beaucoup de poids après une transplantation de selles, sans autre raison apparente. Cette femme de 32 ans s’est fait transplanter de la matière fécale provenant de sa fille en bonne santé mais en surpoids, en raison d’une infection à Clostridium difficile à traiter.

    La relation entre la biologie interne, le rendement des nutriments et le poids est actuellement un sujet de recherche brûlant. Une attention particulière est accordée à la relation entre les espèces de bactéries appartenant au groupe des Firmicutes et celles appartenant aux Bacteroidetes. Les Firmicutes sont particulièrement doués pour décomposer la nourriture et rendre les composants tels que les fibres alimentaires partiellement disponibles pour l’organisme.  Les premiers résultats de l’étude indiquent, entre autres, qu’un régime riche en calories modifie rapidement le rapport en faveur des firmicutes au sein du microbiote intestinal. Même une augmentation de 20 % de cette fraction bactérienne ajoute 150 kcal supplémentaires au compte des calories en raison de l’amélioration du rendement. D’autres théories suggèrent qu’en raison de la forte proportion d’ingrédients  préférentiellement utilisés dans l’intestin grêle, les souches bactériennes colonisent de plus en plus les sections antérieures du tube digestif. Là, elles soutiennent les enzymes digestives et tirent encore plus de bénéfices des aliments.

    Fruits lacto-fermentés, bon pour le microbiote intestinal (la flore intestinale)

    Les traitements basés sur le microbiote

    Prébiotiques et probiotiques

    Différence entre probiotiques et prébiotiques

    La différence est la suivante :

    • constitués de diverses espèces de bactéries intestinales et de levures, les probiotiques sont vivants et actifs et, lorsqu’ils sont ingérés, ils s’incorporent à notre flore intestinale
    • les prébiotiques, quant à eux, sont des substances qui « nourrissent » notre microbiote.

    On estime qu’il y a plus de 400 souches différentes de micro-organismes dans notre machine à digérer et que, par exemple, 90 % de la sérotonine (« la molécule du bonheur ») y est produite. Des recherches récentes ont montré qu’il existe un lien direct entre la production de sérotonine, le bien-être et le type de microflore intestinale.

    Nous savons également que la vitamine K2 (ménaquinone), qui est essentielle aux processus de coagulation, est produite par l’entérobactérie Escherichia coli qui habite une grande partie de notre tube digestif.

    À quoi servent les probiotiques ?

    Ils équilibrent les populations microbiennes du microbiote intestinal de sorte que les « bons » micro organismes que nous ingérons supplantent les mauvais.

    Quelques aliments riches en probiotiques naturels :

    • Kefir
    • Choucroute maison
    • Kombucha
    • Aubergine marinée
    • Yoghourt
    • Tempeh
    • Pain au levain
    • Fromage blanc
    • Babeurre
    • Kimchi
    • Natto
    • Cornichon mariné
    • Chocolat noir
    • Miso
    • Tamari
    • Microalgues

    Ces micro-organismes sont responsables de leur fermentation, comme le yaourt, le fromage, le kéfir, la choucroute, le kombucha et les concombres marinés.

    Le Lactobacillus bulgaricus et le Streptococcus thermophilus sont responsables de la fermentation du lait. Nous devons reconnaître que notre mode de vie et notre nourriture s’éloignent des habitudes de nos ancêtres.

    Nous consommons de plus en plus de produits transformés contenant des conservateurs, des antioxydants et une longue liste de substances qui n’ont rien à voir avec la matière première d’origine.

    Nous reconnaissons que tous ces progrès ont permis d’allonger les dates de consommation et de minimiser les intoxications alimentaires. Mais toutes ces méthodes et produits qui empêchent les micro-organismes de proliférer empêchent également nos « bons microbes » de se développer.

    Par exemple, ce n’est pas parce qu’un produit a été fermenté avec des probiotiques qu’il en contient encore lorsqu’il est consommé. Si nous l’avons soumis à un processus de conservation tel que la pasteurisation, nous avons « tué tous les êtres vivants » qui ont une chance de se développer avec bonheur dans nos entrailles.

    Quelques probiotiques bénéfiques pour le microbiote intestinal qui devraient être inclus dans votre alimentation :

    • Lactobacillus reuteri
    • Lactobacillus acidophilus
    • Lactobacillus rhamnosus
    • Bifidobacterium longum
    • Lactobacillus paracasei
    • Lactobacillus bulgaricus
    • Bifidobacterium bifidum
    • Lactobacillus lactis
    • Lactobacillus plantarum
    • Streptococcus thermophilus
    • Bifidobacterium lactis
    • Lactobacillus gasseri
    • Lactobacillus casei
    • Lactobacillus salivarius

    Médicaments toxiques

    Les médicaments tels que les antibiotiques, les laxatifs, les inhibiteurs d’acidité gastrique, les tranquillisants, les hypocholestérolémiants, les pilules contraceptives, les analgésiques ou la cortisone peuvent avoir un effet négatif durable. Chaque administration d’un antibiotique modifie le microbiote intestinal. Même une demi-année après l’antibiothérapie, il a été démontré que certaines espèces bactériennes sensibles restent définitivement disparues. Lors d’expériences sur des animaux, il a même été observé que les antibiotiques à fortes doses entraînent une diminution significative des cellules nerveuses nouvellement formées dans le cerveau. Dans le même temps, le nombre de certaines cellules immunitaires dans le cerveau a diminué de manière significative. La mémoire a également été affectée. Les doses élevées ne sont pas atteintes chez l’homme. Cependant, les résultats indiquent un échange actif via l’axe intestins-cerveau.

    Conclusion

    Au vu de ces nombreux tableaux cliniques, il est souhaitable de poursuivre les recherches afin de découvrir les mécanismes entre le microbiote intestinal humain, l’environnement, le métabolisme, et la santé. Cependant, ce n’est pas si facile. L’analyse du milieu vivant naturel est difficile. De nombreuses espèces de bactéries ne vivent qu’en l’absence d’air et ne peuvent être cultivées. En même temps, la structure et l’environnement naturels de l’intestin sont difficiles à recréer en laboratoire.

    En outre, il n’existe à ce jour qu’une poignée de formes bactériennes pour lesquelles des effets souhaitables ont été démontrés. La spécificité de la bactérie, cependant, est très élevée. Toutes celles qui sont souhaitables ne s’installent pas forcément en nous, ce qui peut entraîner un besoin sans fin ou des cures régulières. Il est difficile de prédire à l’heure actuelle dans quelle mesure cela est souhaitable et sûr.

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